응용식물학과에서는 작물의 분자단위로부터 개체군에 걸친 생명현상을 유전, 환경 및 이들 상호관계의 시점에서 해명하고, 그 원리를 응용하여 작물의 생산성, 품질 향상을 도모하는 한편, 인류의 생존기반인 자연 및 생산 생태계와 조화를 이룬 작물생산 이론과 기술을 다룬다. 본 전공에서는 분자생물학적 기법을 이용한 신품종 창출(작물육종학), 불량환경에 대한 작물의 적응기작 구명(작물생리학), 신기능성 작물의 탐색, 물질동정 및 작용기작 구명(공예/약용식물학), 작물생산의 생물학적 장해요인을 최소화하여 건전한 생산생태계의 지속(환경식생관리/농업생태학), 기후변화에 대한 작물의 응답 규명, 대응기술 개발(식용작물학/재배학) 등에 관한 교육/연구를 통하여 글로벌 인재육성을 목표로 하고 있다.